A batalha com o Internal Revenue Service (Serviço de Rendimento Interno em português) e foi finalmente resolvido favoravelmente no dia 01 de outubro de 1993. Naquele dia, o IRS emitiu cartas de reconhecimento da Igreja de Scientology Internacional e das suas Igrejas e organizações relacionadas, todas as 150, como estando isentas de imposto sob a secção 501 alínea c) número 3 do Código Fiscal.
Este reconhecimento marcou o fim de um conflito de 40 anos entre a Igreja e o IRS. Seguiu–se a um exame de dois anos de alcance e profundidade sem precedentes, que abrange todas as atividades da Igreja de Scientology no mundo. Isso culminou com a emissão, pelo IRS da decisão judicial que reconhece o status de isenção fiscal religiosa e caritativa da Igreja de Scientology Internacional, a igreja mãe da religião de Scientology, e 150 igrejas filiadas, missões e as organizações de melhoramento social.
As decisões do IRS estabeleceram que:
1. A Igreja de Scientology e respectivas instituições beneficentes e educacionais são utilizadas exclusivamente para fins religiosos reconhecidos e de caridade.
2. A Igreja de Scientology e respectivas instituições beneficentes e educacionais operam em benefício do interesse público e não em interesses dos particulares.
3. Nenhuma parte do lucro líquido destas Igrejas de Scientology e respectivas instituições de caridade e educacionais se aproveitam para o benefício de qualquer entidade individual ou que não seja caritativa.
4. Nenhuma parte das atividades da Igreja de Scientology envolvem a participação em qualquer campanha para um cargo público.
5. Os objectivos destas organizações não violam a ordem pública fundamental.
O IRS também determinou que a Igreja de Scientology qualificava como uma igreja de acordo com os critérios que exigem a existência de uma doutrina religiosa estabelecida, literatura religiosa e história religiosa, qualificação e ordenação de ministros, e uma comunidade religiosa dos crentes.
As aplicações, materiais de apoio e questões e correspondência do IRS para as decisões de isenção de 1993 estão disponíveis para consulta pública e têm estado disponíveis desde que as decisões de isenção foram emitidas no dia 01 de outubro de 1993. Estes documentos ocupam mais de 4 metros lineares e representam de facto o maior registo administrativo de qualquer candidato à isenção.